Περιβαλλοντικές οργανώσεις όπως και τοπικοί φορείς της Δυτικής Ελλάδας κρούουν το κώδωνα του κινδύνου και καταγγέλλουν τη περιβαλλοντική καταστροφή[75] που θα δημιουργήσει η εκτροπή.
Θεωρούν πως με την μερική εκτροπή, σπουδαίες πηγές στο δέλτα όπως αυτές της Λάμπρας θα υποστούν σημαντική μείωση των νερών τους, θα διαταραχτούν οι προστατευόμενοι από τη Συνθήκη Ramsar υγροβιότοποι καθώς επίσης οι λιμνοθάλασσες του Μεσολογγίου[76] και του Αιτωλικού.
Ταυτόχρονα θα υπάρξει διαταραχή στην ισορροπία γλυκού-αλμυρού νερού στις εκβολές του Αχελώου, αύξηση της αλατότητας των εδαφών του Λεσινίου, της Κατοχής και του Νεοχωρίου και πιθανές μικρο- ή μακροκλιματικές αλλαγές στη λεκάνη του ποταμού.
Τονίζεται πως οι μελέτες που έχουν γίνει είναι ελλιπείς και καμία δεν εγγυάται, ότι έστω και η μερική εκτροπή των 600 εκ. m³ δεν θα επηρεάσει την οικολογική ισορροπία.
[75] Βλ. Σ. Παπασπηλιοτόπουλος-Θ. Παπαγιάννης-Σ. Κουβέλης, Το Περιβάλλον στην Ελλάδα 1991-1996, Χορηγός Ίδρυμα Μποδοσάκη, Αθήνα 1996, σ. 86-87.
[76] Η λιμνοθάλασσα, λόγω παντελούς ελλείψεως γλυκού νερού κατά τους καλοκαιρινούς μήνες και των μεγάλων εξατμίσεων κατά την ίδια περίοδο, θα μετατραπεί σε μια απέραντη αλυκή και θα γίνει ακατάλληλη για την επιβίωση κάθε οργανισμού.
